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Seqera

Seqera est une plateforme de travail pour l’analyse de données scientifiques. Elle expose ici la création d’environnements de calcul, de pipelines et d’actions de pipeline, ainsi qu’une lecture des options de plateforme et d’espace de travail.

Version texte de cette fiche

Connexion à vérifier dans Bruno5 actions1 déclencheurs de référence

Utilisation dans Bruno

Catalogue Pipedream : connexion du compte et droits nécessaires. Les actions réellement utilisables sont vérifiées dans Bruno lors de la connexion. Les déclencheurs sont documentés à titre de référence et ne sont pas activés automatiquement dans Bruno.

Exemples de demandes à Bruno

Ces exemples utilisent des noms et des données fictifs. Pour les essayer, connectez l’application et accordez les accès nécessaires. Bruno vous demandera de valider les actions qui l’exigent.

Créer un environnement de calcul

Je veux créer un environnement de calcul pour le projet « Analyse génomique 2026 » avec les paramètres prêts à valider.

Résultat attendu

Un nouvel environnement de calcul est préparé dans Seqera Tower avec les informations fournies.

À préciser dans votre demande

  • Nom de l’environnement
  • Contexte de projet
  • Paramètres techniques à renseigner
Sources de cet exemple

Créer un pipeline pour un contexte utilisateur

Je veux créer le pipeline « RNA-seq validation » dans le contexte utilisateur de l’équipe laboratoire.

Résultat attendu

Un pipeline est créé dans le contexte indiqué si les champs requis sont complets.

À préciser dans votre demande

  • Nom du pipeline
  • Contexte utilisateur visé
  • Paramètres de base du pipeline
Sources de cet exemple

Retrouver les options de plateforme ou d’espace de travail

Je veux vérifier quelles valeurs sont disponibles pour la plateforme et l’espace de travail du projet « Analyse génomique 2026 » avant de créer un pipeline.

Résultat attendu

Les options disponibles pour les champs Platform ID et Workspace ID peuvent être listées pour préparer la création.

À préciser dans votre demande

  • Nom du projet ou du contexte
  • Repère de plateforme ou d’espace de travail à sélectionner
Sources de cet exemple

À savoir avant de commencer

  • La création d’une action de pipeline est documentée, mais son détail dépend des paramètres transmis.
  • Le déclencheur documenté concerne les exécutions créées, pas une lecture générale des données.
  • Les listes d’options servent à choisir des identifiants de champs, pas à consulter des contenus métier.
  • Aucune limite native supplémentaire n’est documentée ici.

Pour connecter cette application

  • Rechercher Seqera dans Apps, puis vérifier la connexion et les droits proposés. Connexion indiquée par Pipedream : clé API.
  • Les actions possibles dépendent de votre compte et des accès accordés. Un abonnement à l’application peut être nécessaire.
  • Bruno demande votre confirmation avant de créer, modifier ou supprimer des données. Les actions proposées par un connecteur Bruno peuvent différer de celles du catalogue Pipedream.
  • Le nom anglais est conservé sous chaque action pour la retrouver dans Pipedream.

Actions proposées

  • Créer un environnement de calcul

    Crée un nouvel environnement de calcul dans Seqera Tower.

    Nom d’origine : Create Compute Environment
    Documentation Pipedream →
  • Créer un pipeline

    Crée un nouveau pipeline dans un contexte utilisateur.

    Nom d’origine : Create Pipeline
    Documentation Pipedream →
  • Créer une action de pipeline

    Crée une nouvelle action associée à un pipeline.

    Nom d’origine : Create Pipeline Action
    Documentation Pipedream →
  • Lister les options d’identifiant de plateforme

    Récupère les valeurs disponibles pour le champ Platform ID.

    Nom d’origine : List Platform ID Options
    Documentation Pipedream →
  • Lister les options d’identifiant d’espace de travail

    Récupère les valeurs disponibles pour le champ Workspace ID.

    Nom d’origine : List Workspace ID Options
    Documentation Pipedream →

Déclencheurs répertoriés par Pipedream

  • Nouveau lancement créé

    Déclenche un événement lorsqu’un nouveau lancement est créé.

    Nom d’origine : New Run Created
    Documentation Pipedream →

Source vérifiée le : Seqera sur Pipedream.